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《国家税务总局广东省税务局关于发布国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程的公告》（国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号）（以下简称《规程》）规定，土地增值税以房地产主管部门审批、备案的房地产开发项目为单位进行清算。对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。具体结合项目立项、用地规划、方案设计审查（修建性详细规划）、工程规划、销售（预售）、竣工验收等确定。
《规程》第七条规定，对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
（一）已竣工验收（备案）的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
（三）主管税务机关有根据认为纳税人有逃避纳税义务行为，可能造成税款流失的。”
对符合《规程》第六条规定的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内向主管税务机关办理清算申报手续。
对符合《规程》第七条规定的项目，纳税人应在收到主管税务机关下达的清算通知之日起90日内办理清算申报手续。
纳税人符合清算条件，但报送的清算资料不全的，纳税人应在收到主管税务机关发出限期提供资料通知书之日起15日内补齐清算资料。
六、房地产项目土地增值税清算按“三分法”（普通住宅、非普通住宅、其他）还是按“两分法”（普通住宅、其他）进行清算申报？
《规程》第十九条规定，同一个项目既建造普通住宅，又建造其他类型房地产的，应分别计算增值额、增值率，分别清算土地增值税。目前肇庆市土地增值税清算申报按“两分法”填报。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定：
（一）房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产， 其收入按下列方法和顺序确认：
（二）房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
《规程》第二十八条规定，同一清算单位内发生的成本、费用，能按照受益对象直接归集的，按照直接成本法计入相应房地产类型扣除；不能按照受益对象直接归集的成本、费用，原则上按照不同类型房地产可售建筑面积比例计算分摊；对占地相对独立的不同类型房地产，可按占地面积法计算分摊取得土地使用权所支付的金额、土地征用及拆迁补偿费。
《规程》第三十一条规定，利用地下人防设施建造的车位，按照以下方式处理：（一）建成后产权属于全体业主所有或无偿移交给政府的，其成本、费用予以扣除；（二）有偿转让且能办理权属转移登记手续的，应计算收入，并准予扣除成本、费用；（三）不能办理权属转移登记手续的，不计算收入，不予扣除相应成本、费用。
在土地增值税清算中，发票、财政票据、拆迁（回迁）合同、签收花名册等实际支付且真实合法有效的凭证均可作为土地增值税税前扣除的凭证。
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）的规定：房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
十三、从金融机构借入的贷款超过贷款期限而产生的利息和罚息，能否在土地增值税清算税前扣除？
凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的利息支出，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额；对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。
《规程》第四十条规定，在土地增值税清算过程中，发现纳税人有下列情形之一的，可按核定方式对房地产项目进行清算。
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
纳税人应在收到主管税务机关发出的审核结果通知书之日起30日内办理补（退）税事宜。
在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后再转让的，纳税人应按月汇总，并在次月15日内申报缴纳土地增值税。
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